Pada dasarnya, sejarah berdirinya BAZNAS Kota Cirebon merupakan kelanjutan dari berdirinya Badan Amil Zakat (BAZ) di Indonesia. Berdirinya Badan Amil Zakat Indonesia adalah suatu pencapaian atas perjuangan panjang peneggakan kewajiban zakat sejak masuknya Islam di Indonesia pada abad ke-7 M.
Pada masa pra kemerdekaan Indonesia tahun 1539, mulai dilakukan pengumpulan zakat oleh kerajaan Aceh pada masa pemerintahan Sultan Alaudin Riayat Syah. Namun pada masa selanjutnya melalui kebijakan Bijblad tahun 1866 No.1892 dan tahun 1905 No.6200, penjajah Belanda melarang petugas agama dan pemerintah mengumpulkan zakat.
Dimasa selanjutnya, KH.Ahmad Dahlan mengorganisir pengumpulan zakat melalui anggotanya. Pada tahun 1943, Majelis Islam A’la Indonesia (MIAI), suatu federasi partai politik dan organisasi massa Islam yang telah ada sebelum perang dunia II membentuk Baitul Maal untuk mengkoordinir zakat, namun pada oktober 1943 penjajah Jepang memaksa MIAI untuk membubarkan diri.
Perkembangan zakat di Indonesia pada masa kemerdekaan dibentuklah Kementerian Agama pada 8 Desember 1951. Kementerian ini menginformasikan bahwa kementerian agama tidak berkehendak untuk mencampuri urusan pengumpulan dan pendistribusian zakat.
Misi kementerian agama hanya untuk mendorong masyarakat agar mengeluarkan zakat dan mengawasi pendistribusian zakat agar tersalurkan sebagaimana mestinya. Terbitnya Peraturan Menteri Agama (PMA) No.4 tahun 1968 tentang pembentukan BAZ Baitul Maal. Dan pada masa orde baru tanggal 26 Oktober 1968, Presiden Soeharto bersedia mengurus pengumpulan zakat secara besar-besaran. Pada tahun yang sama, ulama merekomendasikan pembentukan lembaga zakat tingkat wilayah. Sebagai tindak lanjut atas rekomendasi tersebut, Gubernur Ali Sadikin membentuk BAZIS DKI pada tanggal 5 Desember 1968, kemudian terbit Keppres No.44 tahun 1969 dan dibentuk panitia penggunaan zakat yang diketuai oleh Menko Kesra Idham Khalid.
Selanjutnya pada tahun 1997, 11 (sebelas) lembaga yang diinisiasi DD Rep mendirikan Forum Zakat (FOZ), kemudian lahir UU No.38 tahun 1999 tentang pengelolaan zakat pada masa Presiden BJ.Habibie dan kemudian dibentuk BAZNAS pada era Gus Dur melalui SK Presiden No.8 pada tanggal 17 Januari 2001. Pada 27 Oktober 2011, UU No.38 tahun 1999 diamandemen dengan UU No.23 tahun 2011. Sedangkan pada masa pemerintahan Susilo Bambang Yudhoyono tertanggal 5 Agustus 2013 ditetapkan hari Zakat Nasional yang jatuh pada tanggal 27 Ramadhan, kemudian tahun 2014 terbit PP No.14 tahun 2014 tentang Optimalisasi Pengumpulan Zakat.
Perkembangan BAZNAS Kota Cirebon selalu mengikuti perkembangan politik dan kebijakan tentang pengelolaan zakat di Indonesia. Bangunan BAZNAS Kota Cirebon yang merupakan bangunan yang didirikan sebagai konsekuensi dari niat mulia para ulama dan aktivis Islam dalam upaya mensejahterakan masyarakat kota Cirebon. Para kiyai ulama dan aktivis muslim yang tergabung dalam organisasi masyarakat islam menggagaskan kepada pemerintah daerah untuk mengesahkan pendirian Badan Amil Zakat Kota Cirebon. Gagasan dan usulan tersebut kemudian diterima oleh pemerintah serta medapatkan respon yang baik. Awalnya BAZ belum memiliki kantor sekretariat yang tetap, sehingga untuk mensentralkan seluruh kegiatan maka diupayakan suatu tempat sementara dimana tempat tersebut diputuskan berdasarkan ketua yang menjabat pada saat itu. Kesekretariatan BAZNAS Kota Cirebon pertama kali berlokasi di PMD yang bersebelahan dengan rumah dinas walikota di Jl.Siliwangi kemudian berpindah ke Jl.Bypass komplek perkantoran pemda dan kembali pindah ke krucuk. Seiring berjalannya waktu pada 10 April 1981 dibangunlah bangunan yang berlokasi di Jl. Kanggraksan No.52 dimana selesai dibangun pada tahun 1982 namun fungsinya masih sebagai gedung serbaguna. Barulah pada tahun 1988 bangunan tersebut berfungsi sebagai Kantor BAZNAS Kota Cirebon.
Nama BAZNAS Kota Cirebon telah berkali-kali mengalami perubahan sebelum ditetapkan sebagai BAZNAS pada tahun 2014. Pada tahun-tahun sebelumnya nama BAZNAS adalah Badan Amil Zakat,Infaq,Shodaqoh (BAZIS), Badan Amil Zakat Daerah (BAZDA), Badan Amil Zakat Kota Madya (BAZKOD), Badan Amil Zakat Kota Cirebon (BAZKOT) dan sekarang menjadi Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS)Kota Cirebon.
